屬於交通部「附屬事業機構」的台鐵，喊了21年的公司化，迄今仍處於「喊口號」階段，過去多任交通部長都曾想讓台鐵企業化經營，甚至轉型為國營公司，但都沒人能做到，因為最大的癥結就在「人」和「錢」。
因為台鐵要從附屬事業機構轉型為公司，難度確實相當高，不要說1萬多名台鐵員工公務員身分的轉換問題，光是要先清償4,000億元債務、打消1,200多億元虧損，就讓所有部長不知從何下手。
最早提出要讓台鐵公司化的交通部長是2000年上任的葉菊蘭，當時因為台鐵大小狀況不斷，尤其有一次電車故障卡在隧道內，因為天氣炎熱，台鐵遲遲未將旅客接出，耐不住高溫的旅客乾脆自己步行走出隧道，此一畫面曝光後，各界指責聲浪不斷。
葉菊蘭更是公開痛罵台鐵「老大心態」，高喊要改革台鐵，並要求交通部路政司與台鐵局研擬台鐵公司化可行性。
研究結果認為，要讓台鐵成為一家能夠正常營運、自負盈虧的公司，得先打掉全部虧損、還清所有負債，未來重大建設和設備投資（如購車），也由政府全額支付，猶如台北捷運公司模式。
然而，以政府的財力，實在難以一次拿出5,000多億元來，何況未來還有不知金額的設備汰換、購置，加上台鐵工會也強力反對沒有配套的公司化，甚至要求要讓台鐵正常營運，票價應該先合理化。
當時葉菊蘭是有心要調整票價，來逐步改善台鐵財務的，但一送到行政院，便被可能引發國內物價上漲而打回票，最終台鐵的改革也就不了了之。
之後2002年接任交通部長的林陵三，也曾指示台鐵要完成「公司化基本構想」，但同樣卡在沒錢處理債務和虧損，以及工會擺不平，最後也僅止於研究。
2008年接任交通部長的毛治國思考讓台鐵企業化經營，想辦法增加本身的營收，減輕財務壓力，不單只靠賣便當，那些準備論斤秤兩賣掉的廢棄資產，可以重新打造成文創商品進行銷售，多餘的運力也可以包裝推出郵輪式列車、觀光列車，可出租、讓廠商開發的場站，重新盤點進行招商，多元開拓財源，這雖然讓台鐵開始有點像企業營利的樣子，但距離公司化仍很遙遠。
之後的交通部長對於台鐵，大多抱持不要出事、努力提升服務品質的態度，沒人真的敢讓台鐵公司化。
雖然有人認為，交通部所屬的中華郵政公司、桃園機場公司、台灣港務公司等單位，都是從「附屬事業機構」成功轉型為國營公司，比照辦理應該有機會，但這三家公司在「附屬事業機構」時都是獲利的單位，沒人負債，與台鐵背負沉重的債務和鉅額虧損截然不同。
因此，現在行政院高喊要改革台鐵、要讓台鐵轉型為企業化經營，卻不敢說要讓台鐵成為國營公司，也是深知台鐵背負著鉅額的債務和龐大的虧損，實在很難解決，尤其不敢讓台鐵漲票價、土地資產開發又受限於《國有財產法》規定，這些問題不先處理掉，根本不可能公司化，基於此，台鐵這場「國營公司夢」要怎走下去，各界都是相當好奇的。
